Para limpiar los sistemas de toma de agua de mar hay dos métodos:
- Circulación en circuito abierto: Este método preferido recircula la solución de limpieza MGR con un sistema de lavado o la bomba del sistema.
- Inmersión: La técnica de limpieza más sencilla, aunque la más lenta, consiste en llenar completamente el sistema con la solución de limpieza MGR y dejarlo en remojo, normalmente toda la noche.